「政教分離」という表現は、米独立宣言起草者の一人であるトーマス・ジェファーソンの造語「教会と国家の間の分離の壁」（a wall of separation between Church and State）に由来する。
Believing with you that religion is a matter which lies solely between Man & his God, that he owes account to none other for his faith or his worship, that the legitimate powers of government reach actions only, & not opinions, I contemplate with sovereign reverence that act of the whole American people which declared that their legislature should 'make no law respecting an establishment of religion, or prohibiting the free exercise thereof,' thus building a wall of separation between Church and State. -- Thomas Jefferson, Jefferson's Letter to the Danbury Baptists
（宗教は、ただ人と神との間にある問題であり、人は自らの信仰や崇拝について他の誰にも責任を負わず、政府の正当な力は行動にのみ到達し、意見には到達しないと諸君と共に信じ、議会は「宗教の確立を尊重したり、その自由な行使を禁止したりする法律を作らない」、このようにして教会と国家の間に分離の壁を築くと宣言した米国国民全体の行為を私は畏敬の念をもって顧みるのです）
Church and Stateをどうとるのかが問題である。「国家は教会を利用せず、教会は国家に介入せず」という具体的意味なのか、それとももっと抽象的に「宗教（religion）と政治（politics）」一般のことを述べたものであるのか。
さらに、幕末期にreligionの訳語として当てられた「宗教」という未だ不熟な言葉の問題もある。
《津地鎮祭訴訟の名古屋高判昭４６・５・１４（行集２２巻５号６８０頁）は、「憲法でいう宗教とは『超自然的、超人間的本質（すなわち絶対者・造物主・至高の存在等、なかんずく神、仏、霊等）の存在を確信し、畏敬崇拝する心情と行為』をいい、個人的宗教たると集団的宗教たると、はたまた発生的に自然的宗教たると、創唱的宗教たるとを問わず、すべてこれらを包含するものと解するを相当とする」と述べ、憲法上の「宗教」概念を、きわめて包括的なものとして把握する。
学説上も、憲法が信教の自由とともに徹底した政教分離を定めていることにかんがみ、憲法上「宗教」概念は包括的にとらえるべきである、として、右の定義を支持する者が多い》（『注釈 日本国憲法 上巻』（青林書院新社）、p. 400）
何か釈然としない気持ちのまま話を進めるが、実際に「政治」と「宗教」の間に壁を設けることなど可能なのだろうか。頭の中の観念世界ならいざ知らず、渾然（こんぜん）一体となった「政治」と「宗教」を実際に分離するのは無理がある。
《人間がすぐれて政治的であると同時に、同じくすぐれて宗教的な存在でもあるために、実際の国家生活において政治と宗教を完全に分離することは不可能で、それを敢えて追求した場合にはかえって不自然・不自由な社会にすらなりかねない。
そこで、政教分離の法理も、本来的に不自然な完全分離ではなく、許される政教接触と許されない政教接触を区別する法理としてアメリカで発達してきた》（小林節『憲法守って国滅ぶ』（ワニの本）、p. 159）【続】
